Ökologische Flutungen sollen die Tier- und Pflanzenwelt auf Hochwasserrückhaltungen vorbereiten, die sie statitisch alle zehn Jahre oder weniger ereilen. Die Tiere sollen Fluchtwege kennenlernen oder bestimmte Wohn- und Brutplätze vermeiden, sagt die Landesregierung. Um dies zu erreichen, wird jedes Jahr für eine bestimmte Anzahl von Tagen Wasser in die Rückhalteräume eingeleitet und dort eine gewisse Zeit stehen gelassen – unabhängig davon, ob dies im Rahmen des Hochwasserschutzes notwendig ist oder nicht. Zudem sollen die ökologischen Flutungen "einen Wandel von nicht hochwassertoleranten Lebensgemeinschaften hin zu auenähnlichen, hochwassertoleranten Lebensgemeinschaften herbeiführen". Die Anwohner der betroffenen Gebiete befürchten dadurch jedoch ein Absterben der gewohnten Natur, eine Vermüllung und Verschlammung der Gebiete und günstige Bedingungen für die Ausbreitung von Schädlingen.